Seeneriigi jagunemine hõimkondadeks

Viburseened (Chytridiomycota)
Siia kuuluvad saproobid või taimede, seente ja loomade parasiidid vees ja maismaa märgades või niisketes tingimustes. Hõimkonnas üks klass.

Ikkesseened (Zygomycota)
Maismaal (harva vees) elunevad saproobid või taimede, loomade ja seente parasiidid või poolparasiidid. Ohtlike mükooside tekitajad inimesel ja loomadel, samuti on paljud liigid tuntud kääritajatena. Hõimkonnas kaks klassi.

Kottseened (Ascomycota)
Maismaal, harvem vees elunevad saproobid või taimede, loomade ja seente parasiidid ja poolparasiidid. Teada on ka rohkesti mükooside tekitajaid, tuntakse olulisi kääritajaid, esinevad ka söödavad seened. Toiduainete valmistamisel kasutatavad kottseened on mitmesuguste käärimisprotsesside läbiviijad. Kottseeni kasutatakse hallitusjuustu valmistamisel, tselluloosi lagundajatena, antibiootikumide ja mükotoksiinide tootjatena. Hõlmavad umbes kolmveerandi seni kirjeldatud seentest. Määratletud ligikaudu 29 000 liiki, Eestis vähemalt 30 seltsi ligi 1800 liigiga.

Kandseened (Basidiomycota)
Kandseente hulka kuuluvad tuntud söögiseened – riisikad ja puravikud, aga ka torikseened, roosteseened jne. Nad on ühed olulisemad saproobid, puujuurte sümbiondid või parasiidid. Siia kuuluvad ka majaseened, mis lagundavad (mädandavad) puitu ja teisi materjale. Määratletud ligikaudu 16 000 liiki; hõimkonnas on kolm klassi, kõik esindatud ka Eestis.

Teisseened (Deuteromycetes)
See on kunstlik rühm, kuhu on koondatud seeneliigid, mille sugulise paljunemise faas on teadmata. Määratletud enam kui 17 000 liiki. Paljud neist seentest on võimelised tungima substraadi sisse, põhjustades materjalide bioloogilist lagunemist. Samuti võivad need seened põhjustada nahaärritust ning saastada toitu.